發酵堆肥基肥自然腐熟的話需要一個非常長的時間來進行，而如果使用有機肥發酵劑的話，可以很好的幫助降低腐熟發酵時間，使其內部縮短腐熟的時間，提高發酵腐熟時的溫度，同時重要的是分解有機肥原料中的氨氮含量，提高氮磷鉀這些元素的存有量，從而提高肥力效果。

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   堆肥的整個腐解過程，是一系列微生物活動的復雜過程，包括堆制材料的礦質化和腐殖化過程。堆腐初期以礦質化為主，后期則為腐殖化占優勢。這種過程的快慢和方向，受堆肥材料的組成和含有各種微生物及其環境條件所左右。因此，了解這些因子的變化規律及其相互關系，對于積制好堆肥具有重要意義。

   從高溫堆肥的堆溫變化大體可以反映出微生物活動概況。

   ① 發熱階段  堆制初期，堆溫上升到50℃左右稱發熱階段。堆內溫度在25~40℃范圍內適合于一些無芽孢桿菌、球菌、芽孢桿菌、放線菌、真菌和硝酸細菌等中溫性的微生物活動，它們能先利用水溶性的有機物質而迅速繁殖，繼而分解蛋白質和部分的半纖維素和纖維素，同時釋放出熱量。

   ② 高溫階段  堆制2~3天后，堆溫升到50~60℃，稱為高溫階段。此時出現大量好熱性的微生物，如好熱真菌的一些類群，普通小單孢菌、好熱褐色放線菌和高溫纖維素分解菌等代替了原有的中溫性微生物。它們除對尚存的易分解有機物繼續分解外，主要是分解半纖維素、纖維素和部分木質素。與此同時進行腐殖化過程。本階段后期，有機物分解強度漸弱，高溫維持一定時期后開始下降。

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   ③ 降溫階段  在高溫過后，堆溫逐漸下降到50℃以下，稱為降溫階段。此時，堆內微生物種類和數量較高溫階段多，例如有中溫性的纖維分解粘細菌、芽孢稈菌、真菌和放線菌等數量顯著增加。一些好熱性和耐熱性微生物種類，在降溫過程中仍然維持著活動。在這個階段里，堆內可分解的有機物料基質銳減，腐殖化作用占優勢。

   ④ 腐熟保肥階段  此時堆內物質的C/N比已逐步減小，腐殖質累積量明顯增加。但分解腐殖質等有機物的放線菌數量和比例也有所增加，嫌氣纖維分解細菌、嫌氣固氮菌和反硝化細菌逐步增多。在堆表層，常形成真菌菌絲體為主所構成的白毛。此時如不采取保肥措施，會導致新形成的腐殖質強烈分解。而且，硝化作用形成的硝酸鹽，有可能隨雨水淋入堆底層進行反硝化作用，使氮素損失。所以，堆肥在降溫階段之后，必須將堆積材料堆緊壓實，加土覆蓋，使其處于嫌氣狀態。在這種情況下，嫌氣纖維素分解細菌也能旺盛地進行纖維素分解作用，緩慢地進行后期的腐熟作用。堆肥已完全發酵腐熟，其基本特征是黑、臭、爛。

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