月餅消費的時令性很強，生產廠家要提前生產以滿足市場需求。由于月餅營養豐富，餅皮、餅餡以及咸鴨蛋黃都常會發生霉變，而近年采取的一些防霉劑和防霉措施效果不夠理想。報道用納他霉素對廣式豆沙、蓮蓉、咸鴨蛋黃、蓮蓉月餅進行了試驗，同時采用丙酸鈣、山梨酸鉀、對羥甲酸乙酯、對羥甲酸丙酯等作為對照試驗。結果顯示納他霉素200～300ppm對月餅有良好的防霉效果。
使用納他霉素防止月餅和咸鴨蛋黃發霉，一般采用噴灑法。將納他霉素制成0.02%～0.04%(w/v)的懸浮液，噴灑在餅面、四周及底部即可。生咸鴨蛋黃需入爐烤至7～8成熟再噴灑。

采用浸泡或噴灑肉類食品的方法，使每平方厘米含有4μg納他霉素時，即可達到安全而又有效的防霉目的。有人曾作過納他霉素在香腸中防霉效果的評價，發現在制作香腸時，以納他霉素的懸浮液加至制作流程的某一步驟中，例如發酵前使用或用其浸泡腸衣，或用來浸泡或噴灑已經填好餡料的香腸表面，都可有效的防止香腸表面長霉。納他霉素的推薦使用量是浸泡腸衣液體重量的0.05%～0.2%(w/v)。
中式烤肉、烤鴨胸等烤制品，魚干制品，亦可通過噴灑0.05%～0.1%(w/v)納他霉素懸浮液，延長產品的貨架期。

納他霉素的主要作用是防止乳酪在成熟時發霉，以限制霉菌毒素的形成。因它很難透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面霉菌生長很有優勢，而且不影響乳酪的成熟過程。具體的應用方法有三種：
1、噴于乳酪制品的表面；
2、把鹽漬后的乳酪在0.05%～0.28%濃度的納他霉素懸浮液中浸泡2～4分鐘；
3、把0.05%納他霉素加到覆蓋乳酪的涂層中。

由于各種果汁中含糖量、有機酸的含量均較高，很適合酵母菌的生長繁殖，引起果汁的腐敗變質。使用納他霉素可以增加非酒精飲料的貯存穩定性。
葡萄汁
應用20ppm的納他霉素即可防止因酵母的污染而導致的果汁發酵，若要徹底中止果汁發酵，則需100ppm的納他霉素。
橙汁
由于在自然條件下受到真菌的污染，橙汁一般放置1周便會變壞，加入納他霉素后，即使其劑量低至1.25ppm，存放在2.5－4℃下，保持期可長達8周。納他霉素的抑菌效果與存放溫度有一定的關系，10℃存放的濃縮橙汁，10ppm即可抑制其中的酵母生長；存放在室溫下，則需20ppm納他霉素才有抑菌作用。
蘋果汁
30ppm的納他霉素，其防止蘋果汁發酵的時間可長達6周之久，且果汁的原有風味絕無改變。

沙拉醬是一種高脂肪食品，每年入夏以后產品常有霉變發生。文獻報道沙拉醬中加入納他霉素10ppm試驗期間，未發現變質現象，霉菌、酵母、細菌總數、大腸菌數無顯著變化。沙拉醬與乳酪相似，脂肪含量較高，該試驗說明納他霉素對高脂肪食品抑菌效果確切。